《機動戰士鋼彈 NT》故事背景為 U.C.0097，「拉普拉斯之盒」開啟後的一年。就算公開了提及新人類存在及其權利的「宇宙世紀憲章」，但世界的組成仍無出現重大變化。後稱「拉普拉斯之亂」的紛爭，在新吉翁殘黨軍「戴袖的」瓦解後看似告終。
但在那場最後的戰爭中，2架腦波傳導框體規格的 MS，展露了超越人知的力量。白色獨角獸和黑色獅子，2 架機體所帶來的威脅，理應隨著封印從眾人的意識中遠去，塵封遺忘……
但是，2 年前音訊不明的 RX-0 獨角獸鋼彈 3 號機，其身影卻再度在地球圈上出現。金色的不死鳥……其名為鳳凰。
《機動戰士鋼彈 NT》動畫電影預計將於明年 1 月 11 日上映。